No dia 11 de abril, o governo dos Estados Unidos enviou uma carta a Harvard exigindo uma reforma administrativa, auditorias com dirigentes, professores e alunos, além do encerramento dos programas de diversidade, equidade e inclusão. A Casa Branca também determinou a proibição do uso de máscaras — uma medida vista como direcionada aos protestos pró-Palestina, os quais têm sido tratados pelo governo como manifestações movidas por antissemitismo.
Três dias depois, foram congelados os contratos e subsídios federais da instituição, bloqueando cerca de US$2,3 bilhões (13,5 bilhões de reais). No mesmo dia, Alan Garber, presidente da universidade, declarou que as exigências extrapolam os direitos garantidos pela Primeira Emenda da Constituição dos EUA.
“Nenhum governo — independentemente do partido que estiver no poder — deve ditar o que universidades privadas podem ensinar, quem podem admitir ou contratar, e quais áreas de estudo e pesquisa podem seguir”, disse Garber em um comunicado para os alunos. “Esses objetivos não serão alcançados por meio de imposições de poder, desvinculadas da lei, para controlar o ensino e a aprendizagem em Harvard e ditar como operamos”, completou.

Ainda em abril, o Departamento de Segurança Interna dos EUA (DHS) afirmou que Harvard poderia perder a autorização para matricular estudantes estrangeiros caso não cumprisse as exigências do governo Trump. Na época, a secretaria do DHS enviou uma carta à universidade exigindo que, até o dia 30 daquele mês, fosse apresentado o registro das chamadas 'atividades ilegais e violentas' praticadas por estudantes estrangeiros com visto. Caso contrário, Harvard perderia o privilégio de matricular novos alunos internacionais.
Na carta enviada à instituição, o DHS declarou: “E se Harvard não puder comprovar que está em total conformidade com seus requisitos de notificação, a universidade perderá o privilégio de matricular estudantes estrangeiros”.
No dia 22 de maio, o governo Trump cumpriu a ameaça e cancelou a certificação do Programa de Estudantes de Intercâmbio de Visitantes da universidade. Com isso, ficou impedida de matricular novos alunos estrangeiros, e cerca de 6,8 mil estudantes internacionais, que representam 27% dos alunos da universidade, foram orientados a buscar transferência para outras instituições.
Um dia depois, após Harvard entrar com uma ação contra o governo, a Justiça dos Estados Unidos decidiu derrubar a proibição. Com isso, os estudantes já matriculados e os novos ingressantes voltaram a ter autorização para obter o visto de estudante no país.
Em entrevista à AGEMT, Danilo Linhares, estudante de Direito de Harvard, afirmou que o objetivo da proibição é causar um estrago imediato nas universidades. “A ilegalidade da medida é tão gritante que é difícil acreditar que o próprio governo ache que tem chance real de vencer na Justiça. Mas acho que o objetivo deles nem é exatamente ganhar. É causar um estrago imediato — muita universidade menor não tem recursos nem disposição para comprar essa briga nos tribunais e, talvez, acabe cedendo às exigências."
Donald Trump justificou as medidas afirmando que Harvard “perdeu o rumo” e que a universidade “só ensina ódio e estupidez”.
Nas audiências realizadas nos dias 27 e 29 de maio, a juíza Allison Burroughs prolongou a suspensão da decisão do governo, permitindo que Harvard continue recebendo estudantes internacionais até que os dois lados apresentem seus argumentos no tribunal.